GFP吸收的光譜峰值為395nm（紫外），并有一個峰值為470nm的副吸收峰（藍光）；發射光譜峰值為509nm（綠光），并帶有峰值為540nm的側峰（Shouder）。 雖然450～490nm只是GFP的副吸收峰，但由于該激發光對細胞的傷害小，因此通常多使用該波段光源（多為488nm）

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